La fe cristiana llega al nuevo mundo con el descubrimiento de América el 12 de octubre de 1492 por el Almirante Cristóbal Colón.
En 1501 don Rodrigo de Bastida descubre el Istmo de Panamá y fue acompañado por Vasco Núñez de Balboa, éste regresó a La Española y acompañó de nuevo al Bachiller Martín Fernández de Encino y a Alonso de Ojeda quien fue el primer gobernador del territorio de Centroamérica llamado Castilla de Oro que abarca desde la costa occidental del río Atrato en el Golfo de Urabá hasta el cabo de nombre de Dios en la hoy Honduras. En 1502 Cristóbal Colón visitó la costa norte de nuestro istmo e intentó fundar una ciudad en la desembocadura del río Belén el día 6 de enero de 1502 con el nombre de santa María de Belén.En 1510 Balboa y Encino fundaron un poblado en el territorio del Cacique Cémaco en el lado oeste del Rió Atrato llamado primero La Guardia y ante la insistencia de Balboa se le dio el nombre de Santa María la Antigua cumpliendo así la promesa hacha a la Santísima Virgen María venerada con este nombre en la Catedral de Sevilla, España.
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Habiendo creado la población católica con los colonos españoles y los nativos que eran convertidos a la fe cristiana, el Rey Don Fernando el católico pidió al Papa que nombrase un Obispo para que la Iglesia emprendiera la tarea de la Evangelización de los indígenas en el amplio y aún desconocido territorio. El Papa León X accede a la solicitud del Rey de España y mediante la Bula “Pastorales Officii Debiturn” crea la Diócesis de Santa María la Antigua el 9 de septiembre de 1513, la primera en la tierra firme de América.
El pueblito fundado por Balboa y Encino fue elevado a la categoría de la ciudad por el Papa, y la capilla en honor de Santa María la Antigua, (antes residencia del Cacique Cémaco) fue constituida oficialmente en Iglesia Catedral teniendo como título permanente esta advocación.
Como primer Obispo de Santa María fue nombrado el franciscano y predicador de la casa real, el Reverendo Padre Fray Juan de Quevedo. Este fue consagrado por el arzobispo de Sevilla a finales de 1513. El 11 de abril de 1514 se embarcó para el nuevo mundo con el gobernador Pedrarias que viajaba con 34 embarcaciones y unas dos mil personas llegando a Santa maría el 30 de junio de ese mismo año y fue recibido por Balboa a quien era Alcalde Mayor y toda la población con mucha alegría y solemnidad.
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Vasco Núñez de Balboa descubrió el Mar del Sur el 25 de septiembre de 1513, y desde entonces el Pacífico empieza a tomar importancia. El 15 de agosto de 1519 el gobernador Pedrarias funda la primera ciudad del pacífico sobre un villorrio de nativos conservando el nombre original: PANAMÁ (abundancia de peces y mariposas), pero dándole oficialmente el nombre de “Nuestra Señora de la Asunción de Panamá”. El Obispo Fray Juan de Quevedo viajó a España para asuntos relacionados con la nueva colonia y acusó ante el Rey Carlos V a Pedrarias por el mal trato dado a los indios; este Pastor fue víctima de una epidemia y muerte cerca de Barcelona, en Molins del Rey, el 24 de diciembre de 1519.
La ciudad de Panamá toma cada día, mayor importancia pues es puerto necesario para el descubrimiento y colonización de Sur América especialmente el Imperio Inca.
El segundo Obispo de Santa María fue el dominico Fray Vicente Peraza nombrado en 1521 y consagrado en Burgos. Llegó a la Diócesis en 1524 y por disposición del gobernador Pedrarias trasladó a la ciudad de Panamá la sede episcopal conjuntamente con las autoridades civiles.
El traslado de la Sede Episcopal de Santa María a la ciudad de Panamá no significó la desaparición de esa Iglesia sino mudanza del Obispado, de la catedral y del Cabildo. La provincia de Castilla de Oro tampoco desapareció el trasladarse las autoridades a la nueva ciudad del Pacífico. Este Obispo fallece algunos meses después de su llegada a Panamá y circuló el rumor de que fue envenenado por orden del gobernador Pedrarias. La Diócesis quedó vacante por espacio de diez años. Llega después el tercer Obispo Fray Tomás de Berlanga en 1534 quien era provincial de los Padres Dominicos en Santo Domingo y fue el primero en insinuar al Rey Carlos V la construcción de un canal para unir los dos mares. Correspondió a este Obispo iniciar los trabajos de la catedral cuya torre se mantiene en pie y es símbolo elocuente no sólo de la Iglesia sino también de la fe del pueblo panameño. Diez años después Tomás de Berlanga renunció a su cargo y7 regresó a España.
Durante varios años los Obispos si bien residían en Panamá firmaban: “Obispo de Santa María”, “Obispo de Castilla de Oro”, Obispo de tierra firme” y hasta “Obispo del darién”; finalmente “Obispo de Panamá”, ya que la ciudad sede da el nombre a la Diócesis.
Siendo Sancho Pardo de Cárdenas, Obispo de Panamá, la ciudad fue saqueada e incendiada por el pirata inglés Enrique Morgan el 28 de enero de 1671.