Habiendo creado la población católica con los colonos españoles y los nativos que eran convertidos a la fe cristiana, el Rey Don Fernando el católico pidió al Papa que nombrase un Obispo para que la Iglesia emprendiera la tarea de la Evangelización de los indígenas en el amplio y aún desconocido territorio. El Papa León X accede a la solicitud del Rey de España y mediante la Bula “Pastorales Officii Debiturn” crea la Diócesis de Santa María la Antigua el 9 de septiembre de 1513, la primera en la tierra firme de América. El pueblito fundado por Balboa y Encino fue elevado a la categoría de la ciudad por el Papa, y la capilla en honor de Santa María la Antigua, (antes residencia del Cacique Cémaco) fue constituida oficialmente en Iglesia Catedral teniendo como título permanente esta advocación. Como primer Obispo de Santa María fue nombrado el franciscano y predicador de la casa real, el Reverendo Padre Fray Juan de Quevedo. Este fue consagrado por el arzobispo de Sevilla a finales de 1513. El 11 de abril de 1514 se embarcó para el nuevo mundo con el gobernador Pedrarias que viajaba con 34 embarcaciones y unas dos mil personas llegando a Santa maría el 30 de junio de ese mismo año y fue recibido por Balboa a quien era Alcalde Mayor y toda la población con mucha alegría y solemnidad.

